9、元代中后期，崇庆寺进行了维修。新余籍诗人傅若金在他的两首纪游诗中，盛赞崇庆寺“绀柱明蛛网，青莲映玉台”、“半岭晨飞锡，诸天昼雨花”的庄严妙景。元末壬辰年（1352）寺庙毁于兵刀之乱。明洪武三年（1370）重建前天王殿、大雄殿、后毗卢阁、花雨台、左右钟鼓楼，东接兰堂书社，西枕木鱼山冈，最为一邑之胜。邑人刘松有联句咏曰：“龙泉寺古山连郭，花雨堂虚月到钟。”极赞崇庆寺的高古之美、月夜之美以及钟声之美！

10、那个时候，佛寺还发挥了辅助教育的功能，寺庙往往也是一个又一个穷书生发奋读书的栖息之所、圆梦之地。新余籍历史名人——曾任大理寺少卿的张固就与佛教寺院特别是崇庆寺结下了不解奇缘，留下了出尘之人与读书之人相识相知、携手共修毗卢阁的佳话。这位出尘之人就是明代前期崇庆寺的一个住持，为巢溪张氏子，号岩石，性恬适，有古人风。他禅修自足，以如来相证如来果。张固入仕前常来寺中，认识了岩石，与之过从甚密，岩石常劝张固读书砺行，劝到了谆谆不倦的程度。张固体谅、感激他的真诚，顺从其意，更加刻苦读书。明宣德八年（1433）张固考中进士。后两人合计整修毗卢阁，以示不忘。张固捐资命匠，岩石负责施工，数月之间，便告竣工。游观其中，只见毗卢阁前接大雄宝殿，西枕本寺之木鱼山，后临雨花台，东映乎本寺之兰堂书社，四境联络，巧若天成。张固喜不自禁，携岩石之手说：“师前以此居我，我兹还以为老师憩息所，即此写相识，快乎不快！”岩石说：“必刻石以垂不朽。”于是张固挥笔写下了《重修毗卢阁碑记》，刻石立于毗卢阁前。尔后，太仆丞张春曾经傍晚登临毗卢阁，赋诗赞美“夕照崇庆寺、月映毗卢阁”的妙景，有“攀林踏阁招同调，步月看云非异乡”之句。明崇祯年间（1628-1644），又增建武当行宫与寺后。明末清初，屡经兵燹，殿庑十存一二。